Hay varias maneras de hacer esto:
1.- Uso de un programa OCR (Optical character recognition), algunos de estos programas aceptan a los PDF como si fueran los datos escaneados, luego guardarlos como texto plano separado por tabulador, despues se abre con excel, y se hace la separación en columnas. Este metodo funciona pero a veces los datos no quedan bien organizados en columnas.
Algunos programas OCR libres:
Programas OCR Libres
* Kooka (http://kooka.kde.org/, Programa para escaneo del projecto KDE)
* GOCR (http://jocr.sourceforge.net/, GOCR es un programa OCR (Optical Character Recognition) desarrollado bajo la Licencia Publica GNU)
* ocrad
* ocre
* Tesseract (http://code.google.com/p/tesseract-ocr/)
* OCRopus (http://code.google.com/p/ocropus/)
2.- Uso del programa PDF2XL de cogniview, este funciona de una manera bastante sencilla, se pueden bajar un demo de la pagina web: http://www.cogniview.com/pdf2xl.php
Este demo tiene limitaciones, aqui se puede intentar conseguir en alguna red P2P (emule, torrent, etc), que de seguro se consigue.
Aqui hay otro link con todo (programa + keygen)
http://www.mediafire.com/?7bg4dspcntg